A pilótákat ismét hatalmas hőség fogadta a mai nap Malajziában. Mikor a versenyzők felsorakoztak a rajtrácsra, az aszfalt hőmérséklete 37, míg a levegőé 33 fok volt, 61 százalékos páratartalom mellett.

Fisichella remekül kapta el a rajtot, akit a második helyről induló Jenson Button szorosan követett. A második sorból rajtoló Williams páros, Mark Webber és Nico Rosberg komoly csatát vívott egymással, mely lehetőséget adott a hetedik pozícióból rajtoló Fernando Alonsonak, hogy felzárkózzon, és az első kanyart a harmadik helyen vegye be, közvetlenül Webber előtt, akit Montoya, Heidfeld, majd Rosberg követett.

Az első kiesőre nem kellett sokat várni, ugyanis Kimi Raikkönen az első kör közepénél járva megpördült, majd a verseny feladására kényszerült. Mint utólag kiderült, a Red Bull Racing osztrák pilótája, Christian Klien rongyolt bele a McLarenbe, melynek jobb hátsó kerékfelfüggesztése eltörött. Klien első futóműve is megsérült az ütközésben, melyet a szerelők hét körig javítgattak, majd ismét visszaküldték a többiek közé.

Fisichella vezette a sort a futam első szakaszában, Button, Alonso, Webber, Montoya, Rosberg, és Heidfeld előtt. A Williams német versenyzője a célegyenes előtti kanyarban tudta megelőzni honfitársát, Nick Heidfeldet, aki csúnyán elfékezte magát. Bár Rosberg egyre közelebb került az ötödik helyen autózó Juan Pablo Montoyához, Cosworth V8-as erőforrása a hatodik körben megadta magát, így kiállásra kényszerült.

A következő körök kétségkívül Michael Schumacher körei voltak, aki előbb Jacques Villeneuve-öt, majd pedig a Toyota színeiben versenyző, Jarno Trullit előzte meg az első kanyarban, miközben szép lassan zárkózott fel az élen állókhoz.

Mark Webber eközben folyamatosan támadta a harmadik helyét védő Fernando Alonsot, ám az ő motorja sem bírta tovább, és a 16. körben megadta magát – mely komoly fájdalom a csapat számára, akik még a győzelmet is kilátásba helyezték a hétvégére.

Az első boxkiállások a 18-19. körökben kezdődtek meg, mikor az élen álló Fisichella, majd az őt követő Jenson Button hajtott ki a szerelők közé üzemanyagot, és friss gumikat vételezni. Montoya és Michael Schumacher csak később szánták el magukat első kiállásukra. Ők a 24. körben álltak ki, míg a menetközben az élre került Fernando Alonso csak a 26. körben látogatta meg a boxot. Bár sokan arra számítottak, hogy a spanyol versenyző egy kiállással fogja megcsinálni a versenyt, a Renault csak kevés üzemanyagot töltött az R26-osba, így már akkor tudni lehetett, Alonso két kiálláson van.

Az első boxkiállások után Fisichella ismét átvette a vezetést, akit Button, Alonso, Montoya, Heidfeld, és Michael Schumacher követett.

A verseny szép csendben zajlott, egészen a 38. körig, mikor az élen álló Fisichella ismét kihajtott üzemanyagért a boxba, akit nem sokkal később Jenson Button követett. Mivel Alonso további öt körig kint tudott maradni, sikerült annyi időt begyűjtenie, hogy az utolsó kiállása után megérkezhetett Button elé, akitől átvette a második helyet.

A futam végére is maradt némi izgalom, mikor Michael Schumacher kihajtott a boxba. A német versenyző azonban csapattársa, Felipe Massa mögé érkezett vissza, aki kétszeres motorcseréje miatt a mezőny végéről volt kénytelen elindulni. A brazil versenyző egy kiállásos stratégián volt, mely úgy tűnik, meghozta gyümölcsét.

A BMW Sauber istálló már-már pezsgőt is bontott a garázsban, hiszen Nick Heidfeld az ötödik pozícióban tanyázott, mikor motorja látványos füstfelhőt eregetve megadta magát, nyolc körrel a vége előtt.

Giancarlo Fisichella a pole pozícióból indulva nyerte meg a szezon második versenyét, ahol pályafutása harmadik futamgyőzelmét aratta. A második helyen csapattársa, Fernando Alonso ért célba, akit a Hondás Jenson Button követett, aki továbbra is első győzelmére vár. Montoya a negyedik pozíciót kaparintotta meg a McLarennel, míg az ötödik, illetve a hatodik helyen a Ferrari duója, Felipe Massa és Michael Schumacher futott be.

Az utolsó két pontszerző hely a BMW Sauber színeit képviselő Jacques Villeneuve-é, és a Toyotás Ralf Schumacheré lett, aki felettébb örülhet, hogy a japánok jobban teljesítetek, mint a szezonnyitón Bahreinben.